Paczółtowice położone są na Wyżynie Olkuskiej wchodzącej w skład Jury Krakowsko-Częstochowskiej. Ze względu na piękno krajobrazu i walory przyrodnicze tereny te włączone zostały do obszaru chronionego Parku Krajobrazowego Dolinki Krakowskie.

Na obrzeżach miejscowości znajduje się duży kompleks leśny - Las Żarski i malowniczy rezerwat przyrody Dolina Racławki, będący największym rezerwatem Małopolski. Przez miejscowość przebiega Jurajski Rowerowy Szlak Orlich Gniazd.